In origine era una fortezza medioevale, residenza principesca, che alla fine del IX secolo si trovava nella posizione del castello attuale.
Era stato fondata dal principe Borivoj. Nel corso dell'XI secolo, una basilica romana vi fu costruita ed aggiunta alla fortezza. I resti più importanti datano l'epoca del regno di Carlo IV (ad esempio la fondazione della cattedrale santo-Guy), epoca alla quale il castello diventò residenza imperiale.
Sotto il regno di Vladislav Jagellon, si avviarono lavori di ricostruzione in stile gotico tardivo. All'inizio del XVI secolo, con l'arrivo degli Asburghi al potere, il castello fu cambiato in stile Rinascimentale con splendidi giardini reali). I più grandi lavori di restauro ebbero luogo tra il XVI e il XVII secolo sotto il regno di Rodolfo II, quando il castello diventò un centro delle arti e delle scienze.
Nel XVII secolo, il castello di Praga diventò un luogo di residenza sporadico dell'imperatore che regnò ormai da Vienna. Il castello dovette attendere la metà del XVIII secolo ed il regno di Maria Teresa per conoscere altri lavori: fu allora cambiato nello stile del clacissismo rococo.
A partire dal 1918, il castello di Praga diventò il seggio del presidente della repubblica cecoslovacca e dal 1° gennaio 1993, quello del presidente della Repubblica ceca.
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